Nach Spielbeginn wechselt die Kamera zum Büro eines mysteriösen Generals, nämlich General Gaddafi, dem obersten Verantwortlichen des „Control“-Programms, das lebende Menschen in hirnlose Cyborgs verwandelt. Sie haben den Aufenthaltsort von Jack und anderen herausgefunden und bereiten ihre Verhaftung vor. Kann Jack dieser Katastrophe entkommen? Die Kamera richtete sich auf Jack. Nachdem Jack seine geliebte Frau Lucy beerdigt hatte, erhielt er einen Anruf von seiner Schwester Jessica, der jedoch schnell abgebrochen wurde. Jack spürte, dass etwas nicht stimmte und kehrte sofort in das Gebäude zurück. 
Nachdem Jack in das Gebäude zurückgekehrt war, stellte er fest, dass seine Gefährten George und Tom, die mit ihm lebten und starben, in einer Blutlache lagen. Durch den Mund von Lott, der nach der Erschießung vorgab, tot zu sein, erfuhr er, dass alle von Regierungstruppen gefangen genommen worden waren. 
Jack ging sofort in die Tiefgarage, um ein Auto für die Fahrt zum Gefängnis zu finden. Er wurde jedoch am Tor des Gefängnisses von Regierungstruppen überfallen. Er wurde schwer verletzt und fiel ins Koma. Im kritischen Moment trafen zwei mysteriöse Mitarbeiter ein und retteten Jack. 
Ein paar Tage später wachte Jack auf und fand sich in einer einfachen Krankenstation wieder. Er erfuhr, dass eine Organisation namens Wings of Freedom ihn gerettet hatte. Durch die Kommunikation mit dem Leiter der Organisation, John, beschloss Jack, der Organisation vorübergehend beizutreten und bei der Rettung seiner Schwester Jessica zusammenzuarbeiten. 
Jack ging alleine zum Gefängnis und betrat das Gefängnis erfolgreich durch einen Geheimgang, entdeckte jedoch später, dass es sich dabei um eine vorgefertigte Falle handelte. Zu dieser Zeit traf Johns Schwester Melissa ein und den beiden gelang die Flucht aus dem Gefängnis. 
Die beiden kehrten zur Wings of Freedom-Basis zurück und stellten fest, dass die Basis angegriffen worden war und John starb. Durch die Aufzeichnung von Johns Uhr erfuhren sie, dass es in der Organisation einen Verräter Chavez gab. Nachdem er seine an der Basis verstorbenen Gefährten begraben hatte, erhielt Jack einen Anruf von Lott und erfuhr, dass sein Ausflug gescheitert war und seine Gefährten gefasst worden waren. Jack beschloss, nach Taurus City zurückzukehren, um Pläne zu schmieden. Nach seiner Rückkehr nach Taurus City erfuhr Jack, dass er eine E-Mail von Alex, einem Regierungssoldaten, erhalten hatte. Allerdings konnte der Inhalt der E-Mail nach der Verschlüsselung nicht entschlüsselt werden. Jack beschloss, zuerst zum Arsenal der Regierung zu gehen, um seine gefangenen Gefährten zu finden. 
Nach vielen Schlachten kam Jack zum Arsenal und traf seinen ehemaligen Kameraden Lester. Lester führte die Befehle der Regierung entschlossen und mit militärischer Haltung aus, und Jack musste mit ihm kämpfen. Nachdem er Lester besiegt hatte, ging Jack zum inneren Gefängnis und fand seine eingesperrten Gefährten, doch einer seiner Gefährten wurde schwer verletzt. Jack fand einen bewaffneten Hubschrauber im Arsenalhangar und die drei brachten den erbeuteten Hubschrauber zurück zum Jing-Zhongyue-Gebäude. Melissa wusste, dass der neu gerettete Sam gut im Hacken war und beschloss, Sam mit der Entschlüsselung von Alex‘ E-Mails beginnen zu lassen. 
Am nächsten Tag konnte Sam die E-Mail erfolgreich entsperren. Jack erfuhr, dass Alex und Emily sich nun im Regierungsgebäude in Reina City befanden. Jack beschloss, die beiden zu retten. Emilys Anwesenheit könnte auch Williams Verletzung heilen. Nach einem blutigen Kampf im Regierungsgebäude rettete Jack schließlich Alex und Emily, doch Williams Verletzungen verschlimmerten sich plötzlich. Nach Emilys Untersuchung stellte sich heraus, dass William lebensgefährlich sein würde, wenn er nicht so schnell wie möglich behandelt würde. Für die Behandlung waren jedoch keine Medikamente erforderlich. Jack ging ins Krankenhaus, um nach Medikamenten zu suchen, aber das Krankenhaus hatte einen Stromausfall und konnte das Lagerhaus nicht betreten, um Medikamente zu finden. Jack ging zum Energieraum außerhalb des Krankenhauses, um die Stromversorgung wiederherzustellen. 
Im Keller wurde Jack von einem riesigen Krokodil verfolgt. Jack gelang es schließlich, das Riesenkrokodil zu töten, die Stromversorgung erfolgreich wiederherzustellen und die Medizin zu finden. William erholte sich erfolgreich unter Emilys Behandlung. Aus den von Alex geknackten Akten erfährt Jack, dass der Arzt, der ihn und seine Schwester Jessica gerettet hatte, im Ikarus-Institut eingesperrt waren. 
Jack ging zum Forschungsinstitut und fand dort den verwandelten Chavez. Nach einem schmerzhaften Kampf verwandelte sich Chávez in einen gedankenlosen, biochemisch veränderten Menschen. Nachdem die Schlacht gewonnen war, suchte Jack den Arzt auf, fand jedoch keine Spur von Jessica. Zu diesem Zeitpunkt war aus dem Lautsprecher eine Übertragung zu hören, bei der es sich um die Stimme von General Gaddafi handelte. General Gaddafi teilte Jack mit, dass Jessica hingerichtet werden würde, wenn er nicht innerhalb von drei Tagen alle zum vorgesehenen Golden Sun-Gebäude zur Kapitulation führen würde. 
Nach einiger Überlegung beschloss Jack, alleine zum Golden Sun Building zu gehen, um Jessica zu retten. Das Golden Sun Building hat 10 Stockwerke und der Feind ist sehr mächtig. Nach einem erbitterten Kampf erreichte Jack die Spitze des Gebäudes und sah General Gaddafi und Jessica auf dem Dach. Jack gab vor, sich zu ergeben, verletzte Gaddafi und rettete Jessica erfolgreich. Allerdings war General Gaddafi bereits in einen Hubschrauber gestiegen und im Begriff zu fliehen. Glücklicherweise traf Melissa zu diesem Zeitpunkt ein und überreichte Jack die Flugabwehrrakete. Jack setzte drei Raketen ein, um den Hubschrauber abzuschießen, in dem General Gaddafi saß. 
Jack war besorgt. Eine Person eilte zum Wrack des Hubschraubers und stellte fest, dass General Gaddafi nicht tot war. Der General weigerte sich, sich zu ergeben und injizierte sich verzweifelt die neu entwickelte Transformationsflüssigkeit, die ihn in ein Supermonster verwandelte. 
Das Monster verwandelt sich zweimal. Nach der ersten Verwandlung muss es beim Öffnen der Augen seine Augäpfel angreifen, um Schaden anzurichten. Nach einem blutigen Kampf eliminierte Jack schließlich das Monster. Nach dem Sieg gestand Jack Melissa seine Liebe, umarmte und küsste sich und kehrte dann mit seiner Schwester Jessica nach Taurus City zurück. Für sie könnte alles vorbei sein. . . . . .