Después de que comienza el juego, la cámara cambia a la oficina de un misterioso general, es decir, el general Gaddafi, el máximo responsable del programa "Control" que transforma a personas vivas en cyborgs sin sentido. Han descubierto la ubicación de Jack y otros y se están preparando para arrestarlos. ¿Podrá Jack escapar de este desastre? La cámara se volvió hacia Jack. Después de que Jack enterró a su amada esposa Lucy, recibió una llamada de su hermana Jessica, pero la llamada fue cortada rápidamente. Jack sintió que algo andaba mal e inmediatamente regresó al edificio. 
Después de que Jack regresó al edificio, descubrió que sus compañeros George y Tom, que vivieron y murieron con él, yacían en un charco de sangre. Por boca de Lott, que fingió estar muerto tras recibir un disparo, se enteró de que todos habían sido capturados por las tropas gubernamentales. 
Jack fue inmediatamente al garaje subterráneo a buscar un coche para ir a la prisión. Sin embargo, fue emboscado por tropas gubernamentales en la puerta de la prisión. Resultó gravemente herido y entró en coma. En el momento crítico, dos personas misteriosas llegaron y rescataron a Jack. 
Unos días después, Jack se despertó y se encontró en una sencilla enfermería. Se enteró de que una organización llamada Wings of Freedom lo había salvado. A través de comunicación con el líder de la organización, John, Jack decidió unirse temporalmente a la organización y cooperar para rescatar a su hermana Jessica. 
Jack fue solo a la prisión y entró con éxito a través de un pasaje secreto, pero luego descubrió que se trataba de una trampa preestablecida. En ese momento, llegó la hermana de John, Melissa, y los dos escaparon con éxito de la prisión. 
Los dos regresaron a la base Wings of Freedom y descubrieron que la base había sido atacada y John murió. A través de la grabación del reloj de John, se enteraron de que había un traidor Chávez en la organización. Después de enterrar a sus compañeros que murieron en la base, Jack recibió una llamada de Lott y se enteró de que su salida había fracasado y sus compañeros habían sido capturados. Jack decidió regresar a Taurus City para hacer planes. Después de regresar a Taurus City, Jack se enteró de que había recibido un correo electrónico de Alex, un soldado del gobierno. Sin embargo, el contenido del correo electrónico no se pudo descifrar después de cifrarlo. Jack decidió ir primero al arsenal del gobierno para encontrar a sus compañeros capturados. 
Después de muchas batallas, Jack llegó al arsenal y conoció a su antiguo camarada Lester. Lester cumplió resueltamente las órdenes del gobierno con actitud militar y Jack tuvo que luchar con él. Después de derrotar a Lester, Jack fue a la prisión interior y encontró a sus compañeros encarcelados, pero uno de sus compañeros resultó gravemente herido. Jack encontró un helicóptero armado en el hangar del arsenal y los tres llevaron el helicóptero capturado de regreso al edificio Jing Zhongyue. Melissa sabía que Sam, recién rescatado, era bueno pirateando y decidió dejar que Sam comenzara a descifrar los correos electrónicos de Alex. 
Al día siguiente, Sam desbloqueó con éxito el correo electrónico. Jack se enteró de que Alex y Emily estaban ahora en el edificio gubernamental en Reina City. Jack decidió ir a salvarlos a los dos. La presencia de Emily también podría tratar la lesión de William. Después de una sangrienta batalla en el edificio del gobierno, Jack finalmente rescató a Alex y Emily, pero las heridas de William empeoraron repentinamente. Después del examen de Emily, se supo que William estaría en peligro de muerte si no se trataba lo antes posible, pero no se necesitaba ningún medicamento para el tratamiento. Jack fue al hospital a buscar medicamentos, pero el hospital tuvo un corte de energía y no pudo ingresar al almacén para buscar medicamentos. Jack fue a la sala de energía fuera del hospital para restaurar la energía. 
En el sótano, Jack fue perseguido por un cocodrilo gigante. Jack finalmente logró matar al cocodrilo gigante, restableció con éxito el suministro de energía y encontró la medicina. William se recuperó con éxito gracias al tratamiento de Emily. A partir de los archivos descifrados por Alex, Jack se enteró de que el médico que lo había rescatado y su hermana Jessica estaban encarcelados en el Instituto Ícaro. 
Jack fue al instituto de investigación y encontró al Chávez transformado en el instituto de investigación. Después de una dolorosa lucha, Chávez se convirtió en una persona irreflexiva modificada bioquímicamente. Después de ganar la batalla, Jack encontró al médico, pero no encontró rastro de Jessica. En ese momento se escuchó una transmisión por el altavoz, que era la voz del general Gadafi. El general Gaddafi le dijo a Jack que si no conducía a todos al edificio designado Golden Sun para rendirse en un plazo de tres días, Jessica sería ejecutada. 
Después de considerarlo un poco, Jack decidió ir solo al Edificio Golden Sun para rescatar a Jessica. El Edificio Golden Sun tiene 10 pisos y el enemigo es muy poderoso. Después de una feroz batalla, Jack llegó a la cima del edificio y vio al general Gaddafi y a Jessica en la azotea. Jack fingió rendirse, hirió a Gadafi y rescató con éxito a Jessica. Sin embargo, el general Gadafi ya había subido a un helicóptero y estaba a punto de escapar. Afortunadamente, Melissa llegó en ese momento y le entregó el misil antiaéreo a Jack. Jack utilizó tres misiles para derribar el helicóptero en el que viajaba el general Gadafi. 
Jack estaba preocupado. Una persona corrió hacia los restos del helicóptero y descubrió que el general Gadafi no estaba muerto. El general se negó a rendirse y desesperadamente se inyectó el fluido de transformación recién desarrollado, convirtiéndolo en un súper monstruo. 
El monstruo se transformará dos veces. Después de la primera transformación, debe atacar sus globos oculares cuando abre los ojos para causar daño. Después de una sangrienta batalla, Jack finalmente eliminó al monstruo. Después de la victoria, Jack le confesó su amor a Melissa, se abrazaron y besaron y luego regresaron a Taurus City con su hermana Jessica. Para ellos, todo puede haber terminado. . . . . .