Après le début du jeu, la caméra se dirige vers le bureau d'un mystérieux général, à savoir le général Kadhafi, le plus haut responsable du programme "Control" qui transforme les personnes vivantes en cyborgs stupides. Ils ont découvert l'emplacement de Jack et d'autres et se préparent à les arrêter. Jack pourra-t-il échapper à ce désastre ? La caméra se tourna vers Jack. Après que Jack ait enterré sa femme bien-aimée Lucy, il a reçu un appel de sa sœur Jessica, mais l'appel a été rapidement interrompu. Jack sentit que quelque chose n'allait pas et retourna immédiatement au bâtiment. 
Après que Jack soit revenu au bâtiment, il a découvert que ses compagnons George et Tom, qui vivaient et sont morts avec lui, gisaient dans une mare de sang. Par la bouche de Lott, qui faisait semblant d'être mort après avoir été abattu, il apprit que tout le monde avait été capturé par les troupes gouvernementales. 
Jack s'est immédiatement rendu au garage souterrain pour trouver une voiture pour se rendre à la prison. Cependant, il est tombé dans une embuscade tendue par les troupes gouvernementales à l'entrée de la prison. Il a été grièvement blessé et est tombé dans le coma. Au moment critique, deux mystérieux membres du personnel sont arrivés et ont sauvé Jack. 
Quelques jours plus tard, Jack se réveille et se retrouve dans une simple infirmerie. Il apprit qu'une organisation appelée Wings of Freedom l'avait sauvé. Grâce à la communication avec le chef de l'organisation, John, Jack a décidé de rejoindre temporairement l'organisation et de coopérer pour sauver sa sœur Jessica. 
Jack s'est rendu seul à la prison et a réussi à y entrer par un passage secret, mais a découvert plus tard qu'il s'agissait d'un piège prédéfini. À ce moment-là, la sœur de John, Melissa, est arrivée et les deux ont réussi à s'échapper de la prison. 
Les deux sont retournés à la base Wings of Freedom et ont découvert que la base avait été attaquée et que John était mort. Grâce à l'enregistrement de la montre de John, ils ont appris qu'il y avait un traître Chávez dans l'organisation. Après avoir enterré ses compagnons décédés à la base, Jack reçoit un appel de Lott et apprend que sa sortie a échoué et que ses compagnons ont été rattrapés. Jack a décidé de retourner à Taurus City pour faire des projets. De retour à Taurus City, Jack apprit qu'il avait reçu un e-mail d'Alex, un soldat du gouvernement. Cependant, le contenu de l'e-mail n'a pas pu être déchiffré après avoir été chiffré. Jack décida de se rendre d'abord à l'arsenal gouvernemental pour retrouver ses compagnons capturés. 
Après de nombreuses batailles, Jack arrive à l'arsenal et rencontre son ancien camarade Lester. Lester a résolument exécuté les ordres du gouvernement avec une attitude militaire, et Jack a dû se battre avec lui. Après avoir vaincu Lester, Jack se rendit à la prison intérieure et retrouva ses compagnons emprisonnés, mais l'un de ses compagnons fut grièvement blessé. Jack a trouvé un hélicoptère armé dans le hangar de l'arsenal et les trois ont ramené l'hélicoptère capturé au bâtiment Jing Zhongyue. Melissa savait que Sam, nouvellement sauvé, était doué en piratage informatique et a décidé de laisser Sam commencer à décrypter les e-mails d'Alex. 
Le lendemain, Sam a réussi à déverrouiller l'e-mail. Jack apprit qu'Alex et Emily se trouvaient maintenant dans le bâtiment du gouvernement à Reina City. Jack a décidé d'y aller pour sauver les deux. La présence d'Emily pourrait également soigner la blessure de William. Après une bataille sanglante dans le bâtiment gouvernemental, Jack a finalement sauvé Alex et Emily, mais les blessures de William se sont soudainement aggravées. Après l'examen d'Emily, on a appris que William mettrait sa vie en danger s'il n'était pas traité le plus tôt possible, mais aucun médicament n'était nécessaire pour le traitement. Jack est allé à l'hôpital pour chercher des médicaments, mais l'hôpital a eu une panne de courant et n'a pas pu entrer dans l'entrepôt pour trouver des médicaments. Jack s'est rendu à la salle électrique à l'extérieur de l'hôpital pour rétablir le courant. 
Dans le sous-sol, Jack a été poursuivi par un crocodile géant. Jack a finalement réussi à tuer le crocodile géant, à rétablir l'alimentation électrique et à trouver le médicament. William s'est rétabli avec succès grâce au traitement d'Emily. Grâce aux fichiers piratés par Alex, Jack a appris que le médecin qui l'avait sauvé ainsi que sa sœur Jessica étaient emprisonnés à l'Institut Icarus. 
Jack est allé à l'institut de recherche et a trouvé Chavez transformé dans l'institut de recherche. Après une lutte douloureuse, Chávez s'est transformé en une personne irréfléchie, biochimiquement modifiée. Une fois la bataille gagnée, Jack trouva le médecin, mais ne trouva aucune trace de Jessica. À ce moment-là, une émission a été entendue par le haut-parleur, qui était la voix du général Kadhafi. Le général Kadhafi a déclaré à Jack que s'il ne conduisait pas tout le monde au Golden Sun Building désigné pour se rendre dans les trois jours, Jessica serait exécutée. 
Après mûre réflexion, Jack a décidé de se rendre seul au Golden Sun Building pour sauver Jessica. Le Golden Sun Building a 10 étages et l'ennemi est très puissant. Après une bataille acharnée, Jack atteint le sommet du bâtiment et voit le général Kadhafi et Jessica sur le toit. Jack a fait semblant de se rendre, a blessé Kadhafi et a réussi à sauver Jessica. Cependant, le général Kadhafi était déjà monté à bord d'un hélicoptère et était sur le point de s'enfuir. Heureusement, Melissa est arrivée à ce moment-là et a remis le missile anti-aérien à Jack. Jack a utilisé trois missiles pour faire tomber l'hélicoptère que conduisait le général Kadhafi. 
Jack était inquiet. Une personne s'est précipitée vers l'épave de l'hélicoptère et a constaté que le général Kadhafi n'était pas mort. Le général a refusé de se rendre et s'est désespérément injecté le fluide de transformation nouvellement développé, le transformant en un super monstre. 
Le monstre se transformera deux fois. Après la première transformation, il doit attaquer ses globes oculaires lorsqu'il ouvre les yeux pour provoquer des dégâts. Après une bataille sanglante, Jack a finalement éliminé le monstre. Après la victoire, Jack a avoué son amour à Melissa, s'est embrassé et embrassé, puis est retourné à Taurus City avec sa sœur Jessica. Pour eux, tout est peut-être fini. . . . . .