Karena takut akan kutukan Li Si saat eksekusi, para algojo pertama-tama menggunakan hukuman "menarik lidah", memotong lidahnya agar tidak bisa berbicara; Kemudian, beberapa perwira menggunakan jarum tembaga dan pahat besi untuk mengukir luka di dahi dan pipi Li Si; Mereka menggosok tinta ke luka dan menggosokkannya ke daging agar tidak pernah pudar; Mereka juga menggunakan pisau eksekusi bercahaya biru untuk memotong hidung Li Si, meninggalkan ketenaran dan penampilannya yang lama hilang total, wajahnya tak dikenali, dan perbedaan antara manusia dan hantu tidak dapat dibedakan. Li Si mendorong teori otoriter Shang Yang dan Han Fei ke tingkat ekstrem, membuat rakyat takut melawan dan membiarkan penguasa tetap memegang jabatan tinggi dalam waktu lama. 'Surat Inspeksi dan Hukuman' miliknya selalu membuat rakyat berada di bawah ketakutan akan hukuman keras, dan selama proses penegakan lima hukuman tersebut, ia menanggung siksaan berbagai alat seperti meriam, tali kuat, cambukan, pisau, tusukan, kapak, bilah besi, dan pisau kepala hantu, yang akhirnya mengakibatkan pemusnahan seluruh klannya, menjadikannya orang paling berat dan paling disiksa dalam sejarah. Li Si sangat tidak puas dengan rekonstruksi Istana Epang oleh Qin Er Shi dan perbaikan besar-besaran jalan-jalan kekaisaran. Akibatnya, kepala paviliun yang bertanggung jawab menangkap pencuri dan puluhan penjaga penjara menangkap Li Si dan memenjarakannya, menggunakan penjepit besi untuk mengencangkan genggamannya. Li Si mengenakan pakaian penjara berwarna oker, pergelangan tangannya diikat dengan tali, dan dia dibawa ke tongkat. Di lokasi tongkat, Li Si diikat, dan seseorang mengambil tongkat dan meletakkannya di pahanya (di sini, tongkat itu setara dengan tongkat modern), berteriak, 'Pukul,' lalu tongkat itu dibawa keluar; Setelah tiga kali pukulan, ia berteriak "pukul keras." Lima pukulan digunakan untuk satu orang, dan teriakannya sama seperti sebelumnya. Setiap kali ia berteriak, mereka yang berbentuk lingkaran ikut berteriak, teriakan mereka mengguncang bumi. Selama pukulan, Li Si didukung dengan kain, dibawa oleh empat orang, dan setelah dipukul, kain itu dilemparkan ke tanah. Pada bulan ketujuh era Zhongli tahun 208 SM, Qin Er Shi memerintahkan Li Si untuk menjalani "kelima hukuman" dan "pemusnahan tiga klan." Karena takut Li Si akan mengumpat saat eksekusi, para algojo pertama-tama menerapkan hukuman "pencabutan lidah", memotong lidahnya agar ia tidak bisa berbicara; Kemudian, beberapa perwira menggunakan jarum tembaga, pahat besi, dan alat lain untuk mengukir luka di dahi dan pipi Li Si; Mereka menggosokkan tinta ke luka agar luka itu tidak pernah pudar; Mereka kemudian menggunakan pisau eksekusi bercahaya biru untuk memotong hidung Li Si, membuatnya benar-benar cacat dan tak bisa dibedakan dari manusia maupun hantu. Para algojo mengikat Li Si dan memotong kakinya di bawah tempurung lutut dengan kapak dan toleg; Mereka juga menggunakan tongkat (ranting berduri) untuk memukulnya hingga pingsan; Ia dibelah dua dengan balok besi—besi adalah guillotine, sisanya adalah pangkalan; Akhirnya, para algojo menggunakan parang kepala hantu untuk memenggal Li Si yang tak sadarkan diri dan menggantung kepalanya di tembok kota yang tinggi untuk dipamerkan di depan umum. Dikatakan bahwa Li Si "memiliki tulang putih tetapi keempat matanya masih bergerak; anggota tubuhnya tercabik dan tangisan kesakitannya tidak berhenti."