Após o início do jogo, a câmera muda para o escritório de um general misterioso, ou seja, o General Gaddafi, o principal responsável pelo programa "Controle" que transforma pessoas vivas em ciborgues estúpidos. Eles descobriram a localização de Jack e outros e estão se preparando para prendê-los. Será que Jack conseguirá escapar deste desastre? A câmera se voltou para Jack. Depois que Jack enterrou sua amada esposa Lucy, ele recebeu uma ligação de sua irmã Jéssica, mas a ligação foi rapidamente cortada. Jack sentiu que algo estava errado e voltou imediatamente para o prédio. 
Depois que Jack voltou ao prédio, ele descobriu que seus companheiros George e Tom, que viveram e morreram com ele, estavam deitados em uma poça de sangue. Pela boca de Lott, que se fingiu de morto após ser baleado, soube que todos haviam sido capturados pelas tropas do governo. 
Jack imediatamente foi até a garagem subterrânea para encontrar um carro para ir para a prisão. No entanto, ele foi emboscado por tropas do governo no portão da prisão. Ele ficou gravemente ferido e entrou em coma. No momento crítico, duas pessoas misteriosas chegaram e resgataram Jack. 
Alguns dias depois, Jack acordou e se viu em uma enfermaria simples. Ele descobriu que uma organização chamada Wings of Freedom o salvou. Através da comunicação com o líder da organização, John, Jack decidiu ingressar temporariamente na organização e cooperar para resgatar sua irmã Jéssica. 
Jack foi para a prisão sozinho e entrou com sucesso na prisão através de uma passagem secreta, mas depois descobriu que esta era uma armadilha predefinida. Neste momento, Melissa, irmã de John, chegou e os dois escaparam com sucesso da prisão. 
Os dois retornaram à base Wings of Freedom e descobriram que a base havia sido atacada e John morreu. Através da gravação do relógio de John, souberam que havia um traidor Chávez na organização. Depois de enterrar seus companheiros que morreram na base, Jack recebeu um telefonema de Lott e soube que sua saída havia fracassado e seus companheiros foram capturados. Jack decidiu voltar para Taurus City para fazer planos. Depois de retornar à cidade de Taurus, Jack soube que havia recebido um e-mail de Alex, um soldado do governo. No entanto, o conteúdo do e-mail não pôde ser descriptografado após ser criptografado. Jack decidiu ir primeiro ao arsenal do governo para encontrar seus companheiros capturados. 
Depois de muitas batalhas, Jack chegou ao arsenal e conheceu seu ex-camarada Lester. Lester cumpriu resolutamente as ordens do governo com atitude militar, e Jack teve que lutar com ele. Após derrotar Lester, Jack foi até a prisão interna e encontrou seus companheiros presos, mas um de seus companheiros ficou gravemente ferido. Jack encontrou um helicóptero armado no hangar do arsenal e os três levaram o helicóptero capturado de volta ao Edifício Jing Zhongyue. Melissa sabia que Sam recém-resgatado era bom em hackear e decidiu deixar Sam começar a descriptografar os e-mails de Alex. 
No dia seguinte, Sam desbloqueou o e-mail com sucesso. Jack soube que Alex e Emily estavam agora no prédio do governo em Reina City. Jack decidiu ir salvar os dois. A presença de Emily também poderia tratar o ferimento de William. Depois de uma batalha sangrenta no prédio do governo, Jack finalmente resgatou Alex e Emily, mas os ferimentos de William pioraram repentinamente. Após o exame de Emily, descobriu-se que William correria risco de vida se não fosse tratado o mais rápido possível, mas não havia necessidade de nenhum medicamento para o tratamento. Jack foi ao hospital em busca de remédios, mas o hospital teve uma queda de energia e não conseguiu entrar no armazém para buscar remédios. Jack foi para a sala de energia fora do hospital para restaurar a energia. 
No porão, Jack foi perseguido por um crocodilo gigante. Jack finalmente conseguiu matar o crocodilo gigante, restaurou com sucesso o fornecimento de energia e encontrou o remédio. William se recuperou com sucesso sob o tratamento de Emily. Pelos arquivos decifrados por Alex, Jack descobriu que o médico que o resgatou e sua irmã Jéssica estavam presos no Instituto Ícaro. 
Jack foi ao instituto de pesquisa e encontrou o transformado Chavez no instituto de pesquisa. Depois de uma luta dolorosa, Chávez se transformou em uma pessoa impensada bioquimicamente modificada. Depois que a batalha foi vencida, Jack encontrou o médico, mas não encontrou nenhum vestígio de Jessica. Neste momento, uma transmissão foi ouvida no alto-falante, que era a voz do General Gaddafi. O general Gaddafi disse a Jack que se ele não levasse todos ao edifício Golden Sun designado para se renderem dentro de três dias, Jessica seria executada. 
Após algumas considerações, Jack decidiu ir sozinho ao Edifício Golden Sun para resgatar Jessica. O Edifício Golden Sun tem 10 andares e o inimigo é muito poderoso. Após uma batalha feroz, Jack chegou ao topo do prédio e viu o General Gaddafi e Jessica no telhado. Jack fingiu se render, feriu Gaddafi e resgatou Jessica com sucesso. No entanto, o General Gaddafi já havia embarcado num helicóptero e estava prestes a escapar. Felizmente, Melissa chegou nessa hora e entregou o míssil antiaéreo para Jack. Jack usou três mísseis para derrubar o helicóptero que o general Gaddafi pilotava. 
Jack estava preocupado. Uma pessoa correu para os destroços do helicóptero e descobriu que o general Gaddafi não estava morto. O general recusou-se a se render e injetou-se desesperadamente com o fluido de transformação recém-desenvolvido, transformando-o em um super monstro. 
O monstro se transformará duas vezes. Após a primeira transformação, ele deve atacar seus olhos ao abrir os olhos para causar danos. Após uma batalha sangrenta, Jack finalmente eliminou o monstro. Após a vitória, Jack confessou seu amor por Melissa, abraçou-se e beijou-se e depois voltou para Taurus City com sua irmã Jéssica. Para eles, tudo pode ter acabado. . . . . .