หลังจากเกมเริ่ม กล้องจะสลับไปที่ห้องทำงานของนายพลลึกลับ ซึ่งก็คือนายพลกัดดาฟี บุคคลระดับท็อปที่รับผิดชอบโปรแกรม "ควบคุม" ที่เปลี่ยนผู้คนที่มีชีวิตให้กลายเป็นไซบอร์กที่ไร้เหตุผล พวกเขาได้ค้นพบตำแหน่งของแจ็คและคนอื่นๆ และกำลังเตรียมที่จะจับกุมพวกเขา แจ็คจะรอดพ้นจากหายนะครั้งนี้ได้หรือไม่? กล้องหันไปหาแจ็ค หลังจากที่แจ็คฝังศพลูซี่ ภรรยาสุดที่รักของเขา เขาได้รับโทรศัพท์จากเจสสิก้าน้องสาวของเขา แต่สายก็ถูกตัดไปอย่างรวดเร็ว แจ็ครู้สึกว่ามีบางอย่างผิดปกติจึงรีบกลับไปที่อาคารทันที 
หลังจากที่แจ็คกลับมาที่อาคาร เขาพบว่าเพื่อนของเขาจอร์จและทอมซึ่งอาศัยและตายร่วมกับเขากำลังนอนจมกองเลือด ผ่านปากของลอตต์ซึ่งแกล้งทำเป็นตายหลังจากถูกยิง เขาได้เรียนรู้ว่าทุกคนถูกกองทหารของรัฐบาลจับตัวไป 
แจ็คไปที่โรงจอดรถใต้ดินทันทีเพื่อหารถที่จะไปเรือนจำ อย่างไรก็ตามเขาถูกกองทหารของรัฐบาลซุ่มโจมตีที่ประตูเรือนจำ เขาได้รับบาดเจ็บสาหัสและตกอยู่ในอาการโคม่า ในช่วงเวลาวิกฤติ มีบุคลากรลึกลับสองคนเข้ามาช่วยแจ็ค 
ไม่กี่วันต่อมา แจ็คตื่นขึ้นมาและพบว่าตัวเองอยู่ในห้องพยาบาลธรรมดาๆ เขาได้เรียนรู้ว่าองค์กรที่เรียกว่า Wings of Freedom ได้ช่วยชีวิตเขาไว้ ผ่านการสื่อสารกับหัวหน้าองค์กร จอห์น แจ็คตัดสินใจเข้าร่วมองค์กรชั่วคราวและร่วมมือช่วยเหลือน้องสาวของเขา เจสสิก้า 
แจ็คไปที่คุกเพียงลำพังและเข้าคุกได้สำเร็จโดยใช้ทางลับ แต่ภายหลังพบว่านี่เป็นกับดักที่ตั้งไว้ล่วงหน้า ในเวลานี้ เมลิสซาน้องสาวของจอห์นมาถึง และทั้งสองก็หนีออกจากคุกได้สำเร็จ 
ทั้งสองกลับไปที่ฐาน Wings of Freedom และพบว่าฐานถูกโจมตีและจอห์นเสียชีวิต จากการบันทึกนาฬิกาของจอห์น พวกเขาได้เรียนรู้ว่ามีชาเวซคนทรยศอยู่ในองค์กร หลังจากฝังเพื่อนของเขาที่เสียชีวิตที่ฐานทัพแล้ว แจ็คได้รับโทรศัพท์จากลอตต์และได้รู้ว่าการออกนอกบ้านของเขาล้มเหลวและเพื่อนของเขาถูกจับได้ แจ็คตัดสินใจกลับไปที่ทอรัสซิตี้เพื่อวางแผน หลังจากกลับมาที่ทอรัสซิตี้ แจ็คได้รู้ว่าเขาได้รับอีเมลจากอเล็กซ์ ซึ่งเป็นทหารของรัฐบาล อย่างไรก็ตาม ไม่สามารถถอดรหัสเนื้อหาของอีเมลได้หลังจากถูกเข้ารหัสแล้ว แจ็คตัดสินใจไปที่คลังแสงของรัฐบาลก่อนเพื่อตามหาเพื่อนที่ถูกจับตัวไป 
หลังจากการรบหลายครั้ง แจ็คก็มาที่คลังแสงและพบกับเลสเตอร์อดีตสหายของเขา เลสเตอร์ปฏิบัติตามคำสั่งของรัฐบาลอย่างเด็ดเดี่ยวด้วยท่าทีแบบทหาร และแจ็คก็ต้องต่อสู้กับเขา หลังจากเอาชนะเลสเตอร์ได้ แจ็คก็ไปที่คุกชั้นในและพบเพื่อนที่ถูกคุมขัง แต่เพื่อนคนหนึ่งของเขาได้รับบาดเจ็บสาหัส แจ็คพบเฮลิคอปเตอร์ติดอาวุธลำหนึ่งจากโรงเก็บคลังแสง และทั้งสามก็นำเฮลิคอปเตอร์ที่ยึดได้กลับไปที่อาคารจิงจงเยว่ เมลิสซารู้ว่าแซมที่เพิ่งได้รับการช่วยเหลือเก่งในการแฮ็ก และตัดสินใจให้แซมเริ่มถอดรหัสอีเมลของอเล็กซ์ 
วันรุ่งขึ้น แซมปลดล็อกอีเมลได้สำเร็จ แจ็ครู้ว่าตอนนี้อเล็กซ์และเอมิลี่อยู่ในอาคารรัฐบาลในเมืองเรนา แจ็คตัดสินใจไปช่วยทั้งสองคน การปรากฏตัวของเอมิลี่สามารถรักษาอาการบาดเจ็บของวิลเลียมได้เช่นกัน หลังจากการสู้รบนองเลือดในอาคารรัฐบาล ในที่สุดแจ็คก็ช่วยอเล็กซ์และเอมิลี่ได้ แต่อาการบาดเจ็บของวิลเลียมกลับแย่ลงทันที หลังจากการตรวจของเอมิลี่ พบว่าวิลเลียมอาจเป็นอันตรายถึงชีวิตได้หากไม่ได้รับการรักษาโดยเร็วที่สุด แต่ไม่มียาที่จำเป็นสำหรับการรักษา แจ็คไปโรงพยาบาลเพื่อหายา แต่โรงพยาบาลเกิดไฟฟ้าดับและไม่สามารถเข้าไปในโกดังเพื่อหายาได้ แจ็คไปที่ห้องไฟฟ้าด้านนอกโรงพยาบาลเพื่อฟื้นฟูพลังงาน 
ในห้องใต้ดิน แจ็คถูกจระเข้ยักษ์ไล่ล่า ในที่สุดแจ็คก็ฆ่าจระเข้ยักษ์ได้สำเร็จ คืนแหล่งจ่ายไฟได้สำเร็จ และค้นพบยาได้สำเร็จ วิลเลียมฟื้นตัวได้สำเร็จภายใต้การรักษาของเอมิลี่ จากไฟล์ที่อเล็กซ์แตก แจ็คได้รู้ว่าแพทย์ที่ช่วยชีวิตเขาและเจสสิก้าน้องสาวของเขากำลังถูกจำคุกในสถาบันอิคารัส 
แจ็คไปที่สถาบันวิจัยและพบชาเวซที่เปลี่ยนไปในสถาบันวิจัย หลังจากการต่อสู้อันเจ็บปวด ชาเวซก็กลายเป็นคนดัดแปลงทางชีวเคมีอย่างไร้ความคิด หลังจากชนะการต่อสู้ แจ็คก็พบหมอ แต่ก็ไม่พบร่องรอยของเจสสิก้าเลย ในเวลานี้ได้ยินเสียงออกอากาศจากลำโพงซึ่งเป็นเสียงของนายพลกัดดาฟี นายพลกัดดาฟีบอกกับแจ็คว่าหากเขาไม่พาทุกคนไปยังอาคารโกลเด้นซันที่กำหนดเพื่อมอบตัวภายในสามวัน เจสซิกาจะถูกประหารชีวิต 
หลังจากพิจารณาอยู่พักหนึ่ง แจ็คก็ตัดสินใจไปที่อาคารโกลเด้นซันเพียงลำพังเพื่อช่วยเหลือเจสสิก้า อาคารโกลเด้นซันมี 10 ชั้น และศัตรูก็ทรงพลังมาก หลังจากการสู้รบอันดุเดือด แจ็คขึ้นไปบนยอดอาคารและเห็นนายพลกัดดาฟีและเจสสิก้าอยู่บนดาดฟ้า แจ็คแกล้งทำเป็นยอมแพ้ ทำให้กัดดาฟีได้รับบาดเจ็บ และช่วยเหลือเจสสิก้าได้สำเร็จ อย่างไรก็ตาม นายพลกัดดาฟีได้ขึ้นเฮลิคอปเตอร์แล้วและกำลังจะหลบหนี โชคดีที่เมลิสซามาถึงในเวลานี้และมอบขีปนาวุธต่อต้านอากาศยานให้กับแจ็ค แจ็คใช้ขีปนาวุธ 3 ลูกยิงเฮลิคอปเตอร์ที่นายพลกัดดาฟีขี่อยู่ตก 
แจ็คกังวล มีคนหนึ่งรีบไปที่ซากเฮลิคอปเตอร์ และพบว่านายพลกัดดาฟียังไม่ตาย นายพลปฏิเสธที่จะยอมจำนนและฉีดของเหลวแห่งการเปลี่ยนแปลงที่พัฒนาขึ้นใหม่เข้าใส่ตัวเองอย่างสิ้นหวัง ทำให้เขากลายเป็นสัตว์ประหลาดขั้นสุดยอด 
สัตว์ประหลาดจะแปลงร่างสองครั้ง หลังจากการแปลงร่างครั้งแรก มันจะต้องโจมตีลูกตาเมื่อลืมตาเพื่อสร้างความเสียหาย หลังจากการต่อสู้อันนองเลือด ในที่สุดแจ็คก็สามารถกำจัดสัตว์ประหลาดตัวนี้ได้ หลังจากชัยชนะ แจ็คสารภาพรักกับเมลิสซา กอดและจูบกัน จากนั้นจึงกลับมาที่ทอรัสซิตี้กับเจสสิก้าน้องสาวของเขา สำหรับพวกเขา ทุกอย่างอาจจะจบลงแล้ว . . . . .