Sau khi trò chơi bắt đầu, máy quay chuyển sang văn phòng của một vị tướng bí ẩn, tức là Tướng Gaddafi, người đứng đầu phụ trách chương trình "Điều khiển" biến người sống thành những người máy vô trí. Họ đã phát hiện ra vị trí của Jack và những người khác và đang chuẩn bị bắt giữ họ. Liệu Jack có thể thoát khỏi thảm họa này? Máy quay quay về phía Jack. Sau khi Jack chôn cất người vợ yêu quý Lucy, anh nhận được cuộc gọi từ chị gái Jessica, nhưng cuộc gọi nhanh chóng bị cắt đứt. Jack cảm thấy có điều gì đó không ổn và ngay lập tức quay trở lại tòa nhà. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_1061338972373. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Sau khi Jack quay trở lại tòa nhà, anh phát hiện ra rằng những người bạn đồng hành của mình là George và Tom, những người đã sống và chết cùng anh, đang nằm trên vũng máu. Qua miệng Lott, người giả vờ chết sau khi bị bắn, anh được biết mọi người đã bị quân chính phủ bắt giữ. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_869133388972385. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Jack liền đi xuống gara ngầm tìm xe đi vào nhà tù. Tuy nhiên, anh đã bị quân chính phủ phục kích ngay trước cổng nhà tù. Anh ta bị thương nặng và rơi vào tình trạng hôn mê. Vào thời điểm quan trọng, hai nhân viên bí ẩn đã đến và giải cứu Jack. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_704133389972398. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Vài ngày sau, Jack tỉnh dậy và thấy mình đang ở trong một bệnh xá đơn sơ. Anh biết được rằng một tổ chức tên là Wings of Freedom đã cứu anh. Qua trao đổi với thủ lĩnh của tổ chức là John, Jack quyết định tạm thời gia nhập tổ chức và hợp tác giải cứu em gái Jessica. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_9391338974409. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Jack một mình vào nhà tù và đột nhập thành công vào nhà tù thông qua một lối đi bí mật, nhưng sau đó phát hiện ra rằng đây là một cái bẫy đã được cài đặt sẵn. Lúc này, chị gái của John là Melissa đã đến và cả hai đã trốn thoát khỏi nhà tù thành công. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_57713338974423. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Cả hai quay trở lại căn cứ Wings of Freedom và phát hiện ra rằng căn cứ đã bị tấn công và John đã chết. Qua ghi âm trực ca của John, họ biết được có kẻ phản bội Chavez trong tổ chức. Sau khi chôn cất những người bạn đồng hành đã chết tại căn cứ, Jack nhận được cuộc gọi từ Lott và được biết rằng chuyến đi chơi của anh đã thất bại và những người bạn đồng hành của anh đã bị bắt. Jack quyết định quay trở lại thành phố Taurus để thực hiện kế hoạch. Sau khi trở về thành phố Taurus, Jack được biết mình đã nhận được email từ Alex, một quân nhân chính phủ. Tuy nhiên, nội dung email không thể giải mã được sau khi được mã hóa. Jack quyết định đến kho vũ khí của chính phủ trước tiên để tìm những người bạn đồng hành bị bắt của mình. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_65013338972437. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Sau nhiều trận chiến, Jack đến kho vũ khí và gặp lại người đồng đội cũ Lester. Lester kiên quyết thực hiện mệnh lệnh của chính phủ với thái độ quân sự và Jack đã phải chiến đấu cùng anh ta. Sau khi đánh bại Lester, Jack đi vào nhà tù bên trong và tìm thấy những người bạn đồng hành đang bị giam giữ của mình, nhưng một trong những người bạn đồng hành của anh đã bị thương nặng. Jack tìm thấy một chiếc trực thăng có vũ trang từ nhà chứa kho vũ khí, và cả ba đưa chiếc trực thăng bị bắt trở lại tòa nhà Jing Zhongyue. Melissa biết rằng Sam mới được giải cứu rất giỏi hack nên quyết định để Sam bắt đầu giải mã email của Alex. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_763133897448. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Ngày hôm sau, Sam đã mở khóa email thành công. Jack được biết Alex và Emily hiện đang ở trong tòa nhà chính phủ ở Thành phố Reina. Jack quyết định đi cứu hai người. Sự hiện diện của Emily cũng có thể chữa lành vết thương cho William. Sau một trận chiến đẫm máu ở tòa nhà chính phủ, Jack cuối cùng cũng giải cứu được Alex và Emily nhưng vết thương của William đột nhiên trở nên trầm trọng hơn. Sau khi khám cho Emily, người ta biết rằng William sẽ nguy hiểm đến tính mạng nếu không được điều trị càng sớm càng tốt nhưng cũng không cần dùng thuốc để điều trị. Jack đến bệnh viện tìm thuốc nhưng bệnh viện mất điện nên không thể vào kho tìm thuốc. Jack đi đến phòng điện bên ngoài bệnh viện để lấy lại điện. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_363133897446. jpg?trang web=123545&mid=74(/img)
Ở tầng hầm, Jack bị một con cá sấu khổng lồ đuổi theo. Jack cuối cùng đã thành công trong việc giết chết con cá sấu khổng lồ, khôi phục thành công nguồn điện và tìm ra thuốc. William đã bình phục thành công dưới sự điều trị của Emily. Từ hồ sơ bị Alex bẻ khóa, Jack biết được rằng bác sĩ đã cứu anh và em gái Jessica đang bị giam tại Viện Icarus. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_89113338972473. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Jack đến viện nghiên cứu và tìm thấy Chavez đã biến hình trong viện nghiên cứu. Sau một hồi đấu tranh đau đớn, Chavez biến thành một người bị biến đổi sinh hóa thiếu suy nghĩ. Sau khi thắng trận, Jack tìm đến bác sĩ nhưng không tìm thấy dấu vết của Jessica. Lúc này, loa phát thanh phát ra tiếng nói của tướng Gaddafi. Tướng Gaddafi nói với Jack rằng nếu ông không dẫn mọi người đến Tòa nhà Mặt Trời Vàng được chỉ định để đầu hàng trong vòng ba ngày, Jessica sẽ bị xử tử. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_58913338972485. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Sau khi cân nhắc, Jack quyết định một mình đến Tòa nhà Mặt Trời Vàng để giải cứu Jessica. Tòa nhà Golden Sun có 10 tầng và kẻ thù rất mạnh. Sau một trận chiến ác liệt, Jack lên đến đỉnh tòa nhà và nhìn thấy tướng Gaddafi và Jessica trên sân thượng. Jack giả vờ đầu hàng, làm bị thương Gaddafi và giải cứu thành công Jessica. Tuy nhiên, Tướng Gaddafi đã lên trực thăng và chuẩn bị trốn thoát. May mắn thay, Melissa đã đến đúng lúc và đưa tên lửa phòng không cho Jack. Jack dùng ba quả tên lửa bắn hạ chiếc trực thăng mà tướng Gaddafi đang lái. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_3331338974497. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Jack đang lo lắng. Một người lao tới đống đổ nát của chiếc trực thăng và phát hiện ra rằng Tướng Gaddafi vẫn chưa chết. Vị tướng không chịu đầu hàng và tuyệt vọng tiêm vào mình chất lỏng biến hình mới được phát triển, biến ông ta thành một siêu quái vật. (hình ảnh) http://img. 155. cn/news/image/2012-06-06/155_cn_175133388972510. jpg?site=123545&mid=74(/img)
Quái vật sẽ biến hình hai lần. Sau lần biến hình đầu tiên, nó phải tấn công nhãn cầu khi mở mắt để gây sát thương. Sau một trận chiến đẫm máu, cuối cùng Jack cũng tiêu diệt được con quái vật. Sau chiến thắng, Jack thú nhận tình yêu của mình với Melissa, ôm hôn nhau rồi cùng em gái Jessica trở về thành phố Taurus. Đối với họ, mọi chuyện có thể đã kết thúc. . . . . .